En la Temporada 1928–29 se implantó un nuevo formato de Campeonato de Liga a ejemplo del que se jugaba en Inglaterra y se formaron dos categorías como fueron la Primera y la Segunda División. La Primera División la compusieron un grupo de diez equipos los cuales habían sido Campeones y Subcampeones de Copa como fueron el Athletic de Bilbao, Real Madrid, F.C Barcelona, Atlético de Madrid, RCD Español, Real Sociedad (antiguo Donostia), Arenas de Getxo, Real Unión de Irún y CD Europa, a los que se unió el Racing de Santander como vencedor de un torneo eliminatorio en el que participó el Valencia. El Grupo A de Segunda División lo integraron el Valencia, Celta, Coruña; Sevilla, Oviedo, Sporting de Gijón, Iberia de Zaragoza, Deportivo Alavés, Betis y Racing de Madrid. El Grupo B lo formaron Murcia, Osasuna, Gimnástica de Torrelavega, Valladolid, Cultural Leonesa, Castellón, Zaragoza, Cartagena, Baracaldo y Tolosa. En el Campeonato Regional , el Valencia fue segundo tras el Castellón y en la Copa fue eliminado por el Racing de Santander en segunda eliminatoria tras haber vencido en la primera al CD Europa de Barcelona. La final de dicha Copa se disputó en Mestalla entre el Español y el Real Madrid en la conocida como Final del agua por el tremendo aguacero que anegó un campo que se convirtió en una balsa. En esta temporada causaron baja los históricos Montes y Cubells y se produjo un encuentro en Málaga entre la Selección valenciana y la andaluza en la que vencieron los últimos por 4-1. La campaña del Valencia en Liga fue aceptable pues el equipo acabó en quinta posición.
En la Temporada 1929–30 el checo Antón Fivber regresa a la dirección del equipo y no pudo conseguir el título de campeón regional que fue a parar a manos del Castellón aunque la plantilla valencianista se había reforzado con internacionales como Pasarín y Zabala. De todos modos corría un rumor por la ciudad que decía que quienes realmente decidían la alineación del equipo eran Colina y Cubells. En Liga el Valencia se clasificó en sexta posición en el grupo A de Segunda División. En Copa se produjo un hecho sin precedentes por cuanto se eliminó en las dos primeras fases al Celta de Vigo y al Sevilla pero en cuartos de final ante el Real Madrid se produjo un escandaloso arbitraje en el terreno madridista de Chamartín que produjo la retirada del Valencia del campo de juego , capitaneada por Amorós. En Noviembre de ese año se inauguró en Mestalla el sistema de megafonía y las cabinas para las emisoras de radio. Esto produjo que la banda Unión Musical dejara de amenizar los encuentros que el Valencia disputaba en casa ya como algo casi tradicional.
En la Temporada 1929–30 el checo Antón Fivber regresa a la dirección del equipo y no pudo conseguir el título de campeón regional que fue a parar a manos del Castellón aunque la plantilla valencianista se había reforzado con internacionales como Pasarín y Zabala. De todos modos corría un rumor por la ciudad que decía que quienes realmente decidían la alineación del equipo eran Colina y Cubells. En Liga el Valencia se clasificó en sexta posición en el grupo A de Segunda División. En Copa se produjo un hecho sin precedentes por cuanto se eliminó en las dos primeras fases al Celta de Vigo y al Sevilla pero en cuartos de final ante el Real Madrid se produjo un escandaloso arbitraje en el terreno madridista de Chamartín que produjo la retirada del Valencia del campo de juego , capitaneada por Amorós. En Noviembre de ese año se inauguró en Mestalla el sistema de megafonía y las cabinas para las emisoras de radio. Esto produjo que la banda Unión Musical dejara de amenizar los encuentros que el Valencia disputaba en casa ya como algo casi tradicional.
