El periodo 1936–39 es el de la triste contienda nacional en el que tanta sangre y dolor llenó hogares y tierras de España. En sus inicios, más que una guerra pareció una revuelta temporal y por ello no pareció peligroso organizar en el periodo 1936-7 la llamada Liga del Mediterráneo entre clubes valencianos y catalanes con apreciable afluencia de público. El Valencia, del que os mostramos unos pases del periodo, consiguió clasificarse para disputar la Copa de la España Libre al quedar entre los cuatro primeros. Tras superar en la liguilla clasificatoria a Gerona FC y CE Español se enfrentó en Barcelona en la final al Levante FC perdiendo por 1-0. Es por ello por lo que el Levante aún anda luchando para que se reconoca la oficialidad de ese título y, en ese caso, el Valencia habría obtenido otro subcampeonato de Copa. El Valencia también disputó el Campeonato de Levante, el cual ganó. En este periodo muchos jugadores mostraron su ideología y tuvieron que escapar del país y , en cambio, otros como Quincoces o Gorostiza llegaron a ser estandartes del régimen. En contraste ,otros jugadores no fueron renovados tras la guerra por su pensamiento republicano como Conde o Torredeflot. Y tenemos la triste historia de José Rodríguez Tortajada, el "Presidente proscrito", que fue apresado mientras dirigía el club en guerra y del que adjuntamos un artículo que relata aquel acontecer.
El paisaje tras la guerra fue el más descorazonador posible para el fútbol pues la contienda había destrozado campos de juego y había matado y mutilado a miles de personas. El campo de Mestalla ,como muchos otros de toda España ,estaba arruinado ya que durante la Guerra había servido como almacén de todo tipo de vehículos y el terreno de juego estaba destrozado como también lo estaban gradas, cubiertas y otras instalaciones. Pero un grupo de valencianistas entusiastas que encabezaba Don Luís Casanova y entre los que estaban Antonio Cotanda y Alfredo Jiménez se puso manos a la obra para su recuperación encontrando todo tipo de facilidades entre las nuevas autoridades civiles y militares de la ciudad. Los jóvenes arquitectos hermanos Pascual Gimeno diseñaron y desarrollaron el trabajo a seguir y que muy pronto dio sus frutos. Así el 19 de Junio de 1939 el Valencia jugaba su primer partido contra el Osasuna con nombres conocidos de la etapa anterior a la guerra como Iturraspe, Goiburu, Blasco Vilanova, Richard Costa y el genial Gaspar Rubio. El resultado final fue de empate a 4 goles. El día anterior el Osasuna había jugado otro partido contra un equipo formado por militares destinados en Valencia, el potente equipo llamado Recuperación de Levante, con un resultado de 3 – 0 para los militares. Así , mientras el club se organizaba en lo social ,en pocas semanas tuvo lista su primera directiva tras la Guerra y que surgió de la comisión organizadora que puso en marcha la recuperación del campo. Se puso al frente de ella un militar que era Alfredo Giménez Buesa, Comandante del Regimiento de Recuperación de Levante. Este militar era un buen valencianista pues había sido directivo del club en el año 1932 y consiguió la presencia del incansable Luís Casanova Giner en la vicepresidencia de la entidad. Otro gran acierto fue el fichaje del técnico Ramón Encinas como entrenador pues iba a conseguir grandes éxitos para el club ,lo que le llevaría a dirigir en el futuro al Real Madrid y conseguir el único título liguero de su historia para el Sevilla.
