Tras siete años fuera de Europa esta temporada 1988-89 iba a
ser la del retorno a las competiciones continentales. Se fichó como entrenador
al uruguayo Víctor Espárrago, a Ochotorena del Real Madrid y a Eloy del
Sporting de Gijón, mientras que Madjer regresaba al Oporto con más pena que
gloria. En Liga se finalizó con una más que notable tercera posición y el recién
fichado Ochotorena se convirtió en el 2Zamora" al encajar sólo 26 goles. En Copa
se había caído a primeras de cambio contra el Racing de Santander. Entre los
fallecidos destacó la de Seguí, ese extremo izquierdo que hizo suya la banda
izquierda y que fulminó a todos los que se fichaban para sustituirle en lo que
se conoció como “la maldición de Seguí” y que dejó huérfana de calidad hasta
que llegó Vicente Rodríguez muchas décadas después. Se aprobó el proyecto de
ampliación de la ciudad deportiva aumentando el número de campos. En el Trofeo
que se celebró con motivo del 750 Aniversario de la conquista de Valencia por
el rey Jaime I se venció ante el Rapid de Viena y el Levante y se venció
también en el Trofeo Naranja ante el Oporto y el Vasco de Gama.